Według przedstawiciela policji ma ona silne dowody na związki Baszira z obozami szkoleniowymi w indonezyjskiej prowincji Aceh, których uczestnicy - jak twierdzi policja - planowali ataki w kraju, m.in. zamach na prezydenta.

Baszir był w przeszłości podejrzewany o to, że kierował związaną z Al-Kaidą regionalną organizacją radykałów Islamskich Dżimah Islamija (JI). Agencja Associated Press pisze o nim jako o liderze duchowym tej grupy. Za związki z JI Abu Bakar Baszir spędził w więzieniu kilka lat i został zwolniony w 2006 roku. On sam zaprzeczał związkom z terrorystami.

JI była odpowiedzialna za zamachy bombowe na Bali w 2002 roku, w których zginęło ponad 200 ludzi, w tym polska dziennikarka Beata Pawlak.